Il fait ses premiers pillages au large de la Virginie, de New York et de la Caroline du Sud. Puis, prends la direction de la baie du Nueva Torres où il croise Barbe Noire, qui s'empare du Revenge et se proclame capitaine. Bonnet est embarqué de force. Ensuite, Barbe Noire ayant refusé de lui octroyer sa part du butin, Bonnet reprend le Revenge et nomme David Herriot capitaine. Profitant de la récente déclaration de guerre de l'Angleterre à l'Espagne, Bonnet demande et obtient le pardon royal de la part du gouverneur de Caroline du Nord. Il s'engage alors comme corsaire. Mais Bonnet veut d'abord se venger de Barbe Noire, qu'il poursuit sans succès jusqu'à Ocracoke. En Virginie, puis dans la baie de Delaware, il retombe en piraterie. Soucieux de ne pas entacher son nom pour ne pas perdre son pardon, il se fait appeler « Capitaine Thomas » et rebaptise son sloop Royal James.

Fin 1718, alors qu'il répare son navire sur la Cape Fear River, la nouvelle de son arrivée atteint Charleston. Le colonel anglais William Rhett, de Caroline du Sud, arme deux sloops et part à sa recherche. Une terrible bataille les y oppose. Bonnet et son équipage, après cinq heures de résistance, se rendent et sont emprisonnés à Charleston. Rattrapés après une tentative d'évasion, Bonnet et vingt neuf de ses membres d'équipage sont pendus dans le port de Charleston en 1718.